Granger causality tests applied to a SplicedView
granger_test.RdGranger causality tests applied to a SplicedView
Usage
granger_test(
obj,
var1,
var2,
var3 = "",
lag = 1,
granger_fn = ms_grangertest2,
cond_granger_fn = ms_condgrangertest
)Arguments
- obj
SplicedView object
- var1
column name of response
- var2
column name of predictor
- var3
column name of conditioning
- lag
in seconds (rounded to nearest frame)
- granger_fn
function to perform Granger test (defaults to ms_grangertest2)
- cond_granger_fn
function to perform conditional Granger test (defaults to ms_condgrangertest)
See also
Other Granger Causality:
autoplot.GrangerTime(),
get_granger_interactions(),
map_to_granger_test(),
ms_condgrangertest(),
ms_grangertest1(),
ms_grangertest2(),
plot.GrangerInteraction(),
plot_influence_diagram()
Examples
r1 <- get_sample_recording()
rv_list <- get_raw_views(r1)
pv_list <- lapply(rv_list, get_processed_view)
get_data_points(pv_list$Central_Sitar)
#> [1] "LEar" "LElbow" "LEye" "LShoulder" "LWrist" "MidHip"
#> [7] "Neck" "Nose" "REar" "RElbow" "REye" "RShoulder"
#> [13] "RWrist"
fv_list <- lapply(pv_list, apply_filter_sgolay, data_points = "Nose", n = 41, p = 3)
jv_sub <- get_joined_view(fv_list)
splicing_df <- splice_time(jv_sub, win_size = 5, step_size = 0.5)
sv <- get_spliced_view(jv_sub, splicing_df)
granger_test(sv, "Nose_x_Central_Sitar", "Nose_x_Central_Tabla", lag = 1/25)
#> $df
#> Res.Df Df F P_Value Segment Var1
#> 1 123 -1 1.074633e+01 1.361454e-03 w1 Nose_x_Central_Sitar
#> 2 122 -1 7.230182e-04 9.785926e-01 w2 Nose_x_Central_Sitar
#> 3 122 -1 3.496493e-01 5.554148e-01 w3 Nose_x_Central_Sitar
#> 4 123 -1 1.081636e+01 1.314983e-03 w4 Nose_x_Central_Sitar
#> 5 122 -1 2.906669e+00 9.078013e-02 w5 Nose_x_Central_Sitar
#> 6 123 -1 1.417107e+00 2.361913e-01 w6 Nose_x_Central_Sitar
#> 7 122 -1 2.087214e-03 9.636358e-01 w7 Nose_x_Central_Sitar
#> 8 123 -1 5.593240e-02 8.134411e-01 w8 Nose_x_Central_Sitar
#> 9 122 -1 2.459667e-01 6.208291e-01 w9 Nose_x_Central_Sitar
#> 10 123 -1 7.856260e-01 3.771699e-01 w10 Nose_x_Central_Sitar
#> 11 122 -1 2.221007e+01 6.591536e-06 w11 Nose_x_Central_Sitar
#> 12 123 -1 8.420245e+01 1.391378e-15 w12 Nose_x_Central_Sitar
#> 13 123 -1 8.591452e+00 4.033508e-03 w13 Nose_x_Central_Sitar
#> 14 122 -1 7.004383e+01 1.179227e-13 w14 Nose_x_Central_Sitar
#> 15 123 -1 5.235837e+01 4.479435e-11 w15 Nose_x_Central_Sitar
#> 16 122 -1 1.042676e-03 9.742936e-01 w16 Nose_x_Central_Sitar
#> 17 123 -1 4.998424e-01 4.809176e-01 w17 Nose_x_Central_Sitar
#> 18 122 -1 4.030773e-01 5.267030e-01 w18 Nose_x_Central_Sitar
#> 19 123 -1 1.652584e+00 2.010425e-01 w19 Nose_x_Central_Sitar
#> 20 122 -1 1.080505e+00 3.006573e-01 w20 Nose_x_Central_Sitar
#> 21 123 -1 1.220993e+00 2.713403e-01 w21 Nose_x_Central_Sitar
#> 22 122 -1 1.762320e+00 1.868345e-01 w22 Nose_x_Central_Sitar
#> 23 123 -1 5.898600e-01 4.439573e-01 w23 Nose_x_Central_Sitar
#> 24 122 -1 7.820502e-02 7.802223e-01 w24 Nose_x_Central_Sitar
#> 25 122 -1 5.613399e+00 1.940614e-02 w25 Nose_x_Central_Sitar
#> 26 123 -1 5.814338e+01 5.910113e-12 w26 Nose_x_Central_Sitar
#> 27 122 -1 6.401683e+01 8.431494e-13 w27 Nose_x_Central_Sitar
#> 28 123 -1 1.003412e+01 1.941937e-03 w28 Nose_x_Central_Sitar
#> 29 122 -1 4.127876e+01 2.721430e-09 w29 Nose_x_Central_Sitar
#> 30 123 -1 4.174073e+01 2.235405e-09 w30 Nose_x_Central_Sitar
#> 31 122 -1 2.034034e+01 1.510308e-05 w31 Nose_x_Central_Sitar
#> 32 123 -1 1.710562e+01 6.527308e-05 w32 Nose_x_Central_Sitar
#> 33 122 -1 1.617997e+01 1.006798e-04 w33 Nose_x_Central_Sitar
#> 34 123 -1 1.748469e+01 5.481554e-05 w34 Nose_x_Central_Sitar
#> 35 123 -1 4.842870e-02 8.261882e-01 w35 Nose_x_Central_Sitar
#> 36 122 -1 1.614569e+01 1.022987e-04 w36 Nose_x_Central_Sitar
#> 37 123 -1 1.044039e+01 1.585141e-03 w37 Nose_x_Central_Sitar
#> 38 122 -1 2.260308e+00 1.353332e-01 w38 Nose_x_Central_Sitar
#> 39 123 -1 6.220078e+00 1.396947e-02 w39 Nose_x_Central_Sitar
#> 40 122 -1 4.199055e+01 2.075857e-09 w40 Nose_x_Central_Sitar
#> 41 123 -1 2.935550e+02 2.907419e-34 w41 Nose_x_Central_Sitar
#> 42 122 -1 5.828509e+00 1.726631e-02 w42 Nose_x_Central_Sitar
#> 43 123 -1 1.250349e+00 2.656827e-01 w43 Nose_x_Central_Sitar
#> 44 122 -1 7.416252e-01 3.908441e-01 w44 Nose_x_Central_Sitar
#> 45 123 -1 1.353908e+00 2.468667e-01 w45 Nose_x_Central_Sitar
#> 46 122 -1 9.004397e-03 9.245580e-01 w46 Nose_x_Central_Sitar
#> 47 122 -1 1.415370e-04 9.905274e-01 w47 Nose_x_Central_Sitar
#> 48 123 -1 4.582518e+00 3.428954e-02 w48 Nose_x_Central_Sitar
#> 49 122 -1 2.621560e-01 6.095760e-01 w49 Nose_x_Central_Sitar
#> 50 123 -1 1.107426e-01 7.398715e-01 w50 Nose_x_Central_Sitar
#> 51 122 -1 3.041371e-02 8.618463e-01 w51 Nose_x_Central_Sitar
#> 52 123 -1 1.312152e+00 2.542474e-01 w52 Nose_x_Central_Sitar
#> 53 122 -1 6.863408e-01 4.090430e-01 w53 Nose_x_Central_Sitar
#> 54 123 -1 7.915539e-01 3.753817e-01 w54 Nose_x_Central_Sitar
#> 55 122 -1 1.072041e+00 3.025497e-01 w55 Nose_x_Central_Sitar
#> 56 123 -1 4.250927e+00 4.135267e-02 w56 Nose_x_Central_Sitar
#> 57 123 -1 3.327263e-02 8.555654e-01 w57 Nose_x_Central_Sitar
#> 58 122 -1 3.886159e+01 6.892476e-09 w58 Nose_x_Central_Sitar
#> 59 123 -1 1.351195e+02 1.754612e-21 w59 Nose_x_Central_Sitar
#> 60 122 -1 8.212991e+01 2.750584e-15 w60 Nose_x_Central_Sitar
#> 61 123 -1 8.156878e-01 3.682238e-01 w61 Nose_x_Central_Sitar
#> 62 122 -1 8.421450e-02 7.721620e-01 w62 Nose_x_Central_Sitar
#> 63 123 -1 5.330912e-02 8.177888e-01 w63 Nose_x_Central_Sitar
#> 64 122 -1 2.369864e-02 8.779106e-01 w64 Nose_x_Central_Sitar
#> 65 123 -1 2.016400e-01 6.541970e-01 w65 Nose_x_Central_Sitar
#> 66 122 -1 9.121426e-01 3.414507e-01 w66 Nose_x_Central_Sitar
#> 67 123 -1 2.160911e-05 9.962986e-01 w67 Nose_x_Central_Sitar
#> 68 122 -1 1.526461e+00 2.190378e-01 w68 Nose_x_Central_Sitar
#> 69 122 -1 1.393964e+00 2.400525e-01 w69 Nose_x_Central_Sitar
#> 70 123 -1 7.219588e+01 5.653419e-14 w70 Nose_x_Central_Sitar
#> 71 122 -1 1.797918e+00 1.824762e-01 w71 Nose_x_Central_Sitar
#> 72 123 -1 4.064466e-01 5.249733e-01 w72 Nose_x_Central_Sitar
#> 73 122 -1 1.812249e-02 8.931362e-01 w73 Nose_x_Central_Sitar
#> 74 123 -1 1.410490e+00 2.372822e-01 w74 Nose_x_Central_Sitar
#> 75 122 -1 1.052607e-01 7.461658e-01 w75 Nose_x_Central_Sitar
#> 76 123 -1 4.015233e+01 4.107187e-09 w76 Nose_x_Central_Sitar
#> 77 122 -1 3.721452e+01 1.309822e-08 w77 Nose_x_Central_Sitar
#> 78 123 -1 6.644196e+00 1.113752e-02 w78 Nose_x_Central_Sitar
#> 79 123 -1 1.660918e+00 1.999179e-01 w79 Nose_x_Central_Sitar
#> 80 122 -1 2.929887e-02 8.643767e-01 w80 Nose_x_Central_Sitar
#> 81 123 -1 3.747091e+00 5.521299e-02 w81 Nose_x_Central_Sitar
#> 82 122 -1 6.405839e+00 1.265722e-02 w82 Nose_x_Central_Sitar
#> 83 123 -1 6.841525e+00 1.003047e-02 w83 Nose_x_Central_Sitar
#> 84 122 -1 1.166775e+01 8.663727e-04 w84 Nose_x_Central_Sitar
#> 85 123 -1 1.689876e+01 7.181809e-05 w85 Nose_x_Central_Sitar
#> 86 122 -1 5.628453e+00 1.924770e-02 w86 Nose_x_Central_Sitar
#> 87 123 -1 4.446046e-02 8.333510e-01 w87 Nose_x_Central_Sitar
#> 88 122 -1 1.201688e-02 9.128911e-01 w88 Nose_x_Central_Sitar
#> 89 123 -1 8.231467e+01 2.454212e-15 w89 Nose_x_Central_Sitar
#> 90 122 -1 3.246557e-01 5.698795e-01 w90 Nose_x_Central_Sitar
#> 91 122 -1 5.060580e+01 8.631248e-11 w91 Nose_x_Central_Sitar
#> 92 123 -1 3.822798e+01 8.657897e-09 w92 Nose_x_Central_Sitar
#> 93 122 -1 1.064221e+01 1.436616e-03 w93 Nose_x_Central_Sitar
#> 94 123 -1 1.514016e+01 1.631471e-04 w94 Nose_x_Central_Sitar
#> 95 122 -1 1.364477e+01 3.328332e-04 w95 Nose_x_Central_Sitar
#> 96 123 -1 9.079983e+00 3.143299e-03 w96 Nose_x_Central_Sitar
#> 97 122 -1 2.086938e-01 6.486122e-01 w97 Nose_x_Central_Sitar
#> 98 123 -1 3.256301e-01 5.692932e-01 w98 Nose_x_Central_Sitar
#> 99 122 -1 1.235316e-01 7.258466e-01 w99 Nose_x_Central_Sitar
#> 100 123 -1 1.508020e+00 2.218054e-01 w100 Nose_x_Central_Sitar
#> 101 123 -1 4.696579e-02 8.287917e-01 w101 Nose_x_Central_Sitar
#> 102 122 -1 1.182607e+00 2.789874e-01 w102 Nose_x_Central_Sitar
#> 103 123 -1 7.593948e+01 1.737464e-14 w103 Nose_x_Central_Sitar
#> 104 122 -1 3.702891e+01 1.408755e-08 w104 Nose_x_Central_Sitar
#> 105 123 -1 1.866227e+01 3.199628e-05 w105 Nose_x_Central_Sitar
#> 106 122 -1 3.484637e+01 3.340229e-08 w106 Nose_x_Central_Sitar
#> 107 123 -1 2.848787e+01 4.423331e-07 w107 Nose_x_Central_Sitar
#> 108 122 -1 1.232201e+00 2.691807e-01 w108 Nose_x_Central_Sitar
#> 109 123 -1 6.510477e-04 9.796854e-01 w109 Nose_x_Central_Sitar
#> 110 122 -1 9.385649e-01 3.345797e-01 w110 Nose_x_Central_Sitar
#> 111 123 -1 1.137866e+00 2.882102e-01 w111 Nose_x_Central_Sitar
#> 112 123 -1 1.414438e+01 2.613961e-04 w1 Nose_x_Central_Tabla
#> 113 122 -1 3.029641e-01 5.830449e-01 w2 Nose_x_Central_Tabla
#> 114 122 -1 1.036928e+01 1.645544e-03 w3 Nose_x_Central_Tabla
#> 115 123 -1 2.421379e+00 1.222799e-01 w4 Nose_x_Central_Tabla
#> 116 122 -1 1.184683e-05 9.972594e-01 w5 Nose_x_Central_Tabla
#> 117 123 -1 2.345434e+00 1.282396e-01 w6 Nose_x_Central_Tabla
#> 118 122 -1 8.069761e+00 5.282716e-03 w7 Nose_x_Central_Tabla
#> 119 123 -1 3.605433e+01 2.034267e-08 w8 Nose_x_Central_Tabla
#> 120 122 -1 3.525354e+00 6.284450e-02 w9 Nose_x_Central_Tabla
#> 121 123 -1 3.786195e+00 5.397665e-02 w10 Nose_x_Central_Tabla
#> 122 122 -1 3.201902e+01 1.042980e-07 w11 Nose_x_Central_Tabla
#> 123 123 -1 1.490562e+01 1.822222e-04 w12 Nose_x_Central_Tabla
#> 124 123 -1 1.222975e+01 6.568311e-04 w13 Nose_x_Central_Tabla
#> 125 122 -1 1.634693e+01 9.315989e-05 w14 Nose_x_Central_Tabla
#> 126 123 -1 2.679257e+00 1.042402e-01 w15 Nose_x_Central_Tabla
#> 127 122 -1 3.101853e-01 5.785952e-01 w16 Nose_x_Central_Tabla
#> 128 123 -1 9.753615e+00 2.235697e-03 w17 Nose_x_Central_Tabla
#> 129 122 -1 2.829367e+01 4.851212e-07 w18 Nose_x_Central_Tabla
#> 130 123 -1 7.543792e+00 6.934095e-03 w19 Nose_x_Central_Tabla
#> 131 122 -1 4.056032e+00 4.623184e-02 w20 Nose_x_Central_Tabla
#> 132 123 -1 5.568067e-01 4.569852e-01 w21 Nose_x_Central_Tabla
#> 133 122 -1 3.689410e-01 5.447203e-01 w22 Nose_x_Central_Tabla
#> 134 123 -1 4.503915e-02 8.322862e-01 w23 Nose_x_Central_Tabla
#> 135 122 -1 2.535763e+00 1.139022e-01 w24 Nose_x_Central_Tabla
#> 136 122 -1 1.034732e+01 1.663654e-03 w25 Nose_x_Central_Tabla
#> 137 123 -1 4.676469e+01 3.401094e-10 w26 Nose_x_Central_Tabla
#> 138 122 -1 2.692713e+02 1.477402e-32 w27 Nose_x_Central_Tabla
#> 139 123 -1 4.054001e+01 3.538385e-09 w28 Nose_x_Central_Tabla
#> 140 122 -1 1.176808e+01 8.248550e-04 w29 Nose_x_Central_Tabla
#> 141 123 -1 1.293984e+00 2.575442e-01 w30 Nose_x_Central_Tabla
#> 142 122 -1 1.019109e+00 3.147449e-01 w31 Nose_x_Central_Tabla
#> 143 123 -1 9.497607e-01 3.317086e-01 w32 Nose_x_Central_Tabla
#> 144 122 -1 1.938800e+00 1.663525e-01 w33 Nose_x_Central_Tabla
#> 145 123 -1 2.949979e+00 8.841595e-02 w34 Nose_x_Central_Tabla
#> 146 123 -1 1.319444e-01 7.170531e-01 w35 Nose_x_Central_Tabla
#> 147 122 -1 1.108192e+01 1.155585e-03 w36 Nose_x_Central_Tabla
#> 148 123 -1 2.551609e+01 1.556803e-06 w37 Nose_x_Central_Tabla
#> 149 122 -1 2.237323e+01 6.135397e-06 w38 Nose_x_Central_Tabla
#> 150 123 -1 1.080472e+00 3.006477e-01 w39 Nose_x_Central_Tabla
#> 151 122 -1 7.111433e+00 8.707103e-03 w40 Nose_x_Central_Tabla
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#> [1] "GrangerTime"